Sejarah berdirinya SMP Negeri 3 Madiun tidak dapat dipisahkan dari jasa-jasa dan cita-cita RA Kartini. Berkat cita-cita beliaulah para pengagumnya menidirikan lembaga-lembaga pendidikan di berbagai daerah. Salah satu lembaga pendidikan dari usaha perwujudan cita-cita RA Kartini adalah berdirinya sebuah sekolah di Madiun, yang kelak kemudian menjadi SMP Negeri 3 Madiun.

Sejak tahun 1912, di pulau Jawa mulai berdiri beberapa sekolah untuk para gadis pribumi Indonesia oleh Fonds dari Kartini Vereniging yang dibantu Fonds Kartini di Den Haag Nederland. Di Madiun, sekolah yang dimaksud berdiri pada tahun 1915 dan diberi nama : KARTINI SCHOOL.

Berdasarkan Surat Walikotamadya Kepala Daerah Tingkat II Madiun No. 2856/IV/Kag/80 tertanggal 15 Juli 1960, Kartini School berdiri di atas tanah R.V.E. 1544 seluas 4870 m2 seperti yang tercantum dalam Surat Ukur tanggal 23 Nopember 1914 No. 42 atas nama VERENIGING MADIOENSCHE KARTINI SCHOOL yang terletak di RIAUW STRAAT MADIOEN. Pembangunan gedung lembaga ini selesai pada tahun 1917.

Para gadis pribumi Indonesia yang belajar di Kartini School Madioen ini mendapat pengajaran yang sama dengan pengajaran yang diberikan kepada para pelajar di HIS (Hollands Inlandsch School) ditambah dengan pendidikan tentang pekerjaan rumah tangga. Sedangkan para pengajarnya terdiri dari guru-guru perempuan bangsa Indonesia dan sejumlah kecil guru-guru perempuan yang berdarah Belanda. Tercatat guru perempuan berdarah Belanda terakhir yang mengajar di Kartini School Madioen adalah Yuvrouw (Nona) BRAKE.

Konstruksi bangunan Kartini School Madioen mempunyai bentuk dan ciri yang khas yang dimiliki oleh semua sekolah Kartini yang ada di seluruh pulau Jawa pada waktu itu. Bangunan tersebut masih dapat disaksikan pada bangunan induk SMP Negeri 3 Madiun yang sampai sekarang masih dimanfaatkan sebagai ruang belajar dan memang sengaja masih dipertahankan keaslian konstruksinya. Ini semua dilakukan mengingat bahwa gedung ini merupakan suatu hal yang dianggap cukup monumental bagi daerah Madiun sehingga pantas dijadikan salah satu Monumen Nasional yang sangat bersejarah khususnya bagi kebangkitan pendidikan di Indonesia pada umumnya dan di Madiun pada khususnya.

Dalam kiprahnya sebagai lembaga pendidikan sejak berdiri pada tahun 1915, Kartini School menjalankan misinya sampai dengan jatuhnya Pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1942. Selanjutnya dari tahun 1942 hingga tahun 1945 (di bawah pemerintahan Jepang) Kartini School berganti nama menjadi SMPP (Sekolah Menengah Pertama Putri) dengan siswa yang masih tetap khusus kaum perempuan. Selaras dengan pergantian penguasa pada waktu itu, jalan di depan sekolah tersebut disesuaikan namanya dari RIAUW STRAAT menjadi JALAN RIAUW. Jika pada waktu berdiri pertama kali Kartini School setingkat dengan Sekolah Rendah (sekarang Sekolah Dasar), statusnya berubah menjadi Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama (SLTP), sedangkan Sekolah Rendah -nya atau lebih populer dengan istilah Sekolah Rakyat Kartini (SR Kartini) bergeser ke Jl. Diponegoro yang letaknya sekarang berseberangan dengan SDK St. Yusuf dan berganti nama menjadi Sekolah Dasar Negeri Kartoharjo 2 Kota Madiun.

Nama SMPP tersebut terus berkelanjutan (tidak terjadi perubahan nama) sampai pada awal kemerdekaan Indonesia (tahun 1945) hingga tahun 1950 dengan siswa tetap terdiri dari kaum perempuan. Namun sejak dimulainya tahun pelajaran 1950/1951 (tepatnya pada tanggal 1 Agustus 1950) nama SMPP berubah menjadi SMP Negeri 3 Madiun sampai sekarang. Sejak saat itu pula sekolah ini mulai menerima siswa campuran yang terdiri dari siswa putra dan siswa putri mulai kelas 1 sedangkan kelas 2 dan kelas 3 masih tetap hanya terdiri dari siswa putri sebagai kelanjutan dari kondisi pada tahun-tahun sebelumnya. Sejalan dengan perubahan statusnya sebagai sekolah negeri pada tanggal 1 Agustus 1950 itu, tanah dimana SMP Negeri 3 Madiun berdiri ini dibebaskan dari pajak (hal ini diperkuat dengan terbitnya Surat Keterangan Kepala Desa Madiun Lor yang menyatakan bahwa sejak tanggal 1 Agustus 1950 itu SMP Negeri 3 Madiun tidak perlu membayar pajak).

Berdasarkan hal tersebut akhirnya ditetapkan bahwa Hari Jadi SMP Negeri 3 Madiun adalah tanggal 1 Agustus yang kemudian diperingati setiap tahun.

Berkenaan dengan diundangkan dan diberlakukannya UU No. 5/1960 tanggal 24 September 1960 yang selaras dengan Peraturan Menteri Agraria No. 2/1960 serta sesuai dengan perubahan status tanahnya, maka sejak tanggal 24 September 1960 tanah dan bangunan SMP Negeri 3 Madiun dikonversikan sehingga akhirnya berada di bawah kewenangan Departemen Pendidikan Republik Indonesia. Bertahun-tahun kemudian sejak tahun 1981 SMP Negeri 3 Madiun berubah status kepemilikannya yaitu menjadi milik Negara Republik Indonesia. Perubahan status tersebut terlaksana berkat usaha Kepala SMP Negeri 3 Madiun beserta staf yang tiada henti. Sejalan dengan hal itu jalan di depan sekolah tersebut diganti namanya dari Jl. Riau menjadi Jl. RA Kartini sebagai kenangan sejarah berdirinya SMP Negeri 3 Madiun serta sebagai penghormatan dan penghargaan bagi RA Kartini sebagai pejuang kaum wanita. Akhirnya alamat SMP Negeri 3 Madiun sejak saat itu adalah di Jl. RA Kartini No. 6 Telpon (0351) 462523 Kode Pos 63122.

Dalam penelusuran yang dilakukan secara sederhana, sejarah singkat dari nama-nama yang pernah menduduki pimpinan di SMP Negeri 3 Madiun adalah sebagai berikut :

1. R. TARMIDI (tahun 1944 – 1948) :
Masa-masa kepemimpinan beliau adalah merupakan masa-masa yang sangat sulit diantaranya adalah : masa akhir pendudukan pemerintah Jepang, masa pergolakan merebut kemerdekaan serta masa mempertahankan kemerdekaan yang sudah berhasil diraih dan ingin direbut kembali oleh pemerintah Belanda. Dengan tertatih-tatih SMPP menjalankan misi di bidang pendidikan yang diwarnai dengan banyaknya cobaan. Konon SMPP juga pernah dijadikan sebagai tempat transit tahanan perang (tentara) meskipun tidak lama.

2. R. IMAM SOEWANDI (1948 – 1952) :
Pada masa kepemimpinan beliau inilah SMPP (Sekolah Menengah Putri Pertama) berganti menjadi SMP (Sekolah Menengah Pertama) Negeri 3 Madiun. Pada saat itu SMP Negeri 3 Madiun dikenal sebagai sekolah yang berprestasi tinggi dipandang dari prosentase lulusannya yang dari tahun ke tahun selalu mencapai rata-rata 90 %. Karenanya tidak aneh jika banyak siswanya yang berasal dari putra-putri pegawai pabrik gula yang pada waktu itu dikenal sebagai bagian masyarakat Madiun yang terpandang.

3. R. SOEMITRO, BA (1952 – 1971) :
Beliau merupakan sosok OEMAR BAKRI sejati dengan busana khas Jawa. Masyarakat Madiun mengenalnya sebagai sosok yang selalu mengenakan : bebed, beskap, blangkon, sandal kulit, tas dari kulit dan ……… bersepeda onthel/pancal kemanapun beliau pergi baik dinas maupun non dinas. Beliau juga terkenal sangat disiplin dan menanamkan sikap hormat siswa kepada guru namun tidak terkesan feodalistis. Pengenaan seragam sekolah semakin dimantapkan. Pada masa kepemimpinan beliau, SMP Negeri 3 Madiun mendapat kehormatan menerima kunjungan Menteri P & K yaitu Bapak Prof. Dr. Prijono. Peristiwa tersebut tentu merupakan peristiwa yang langka dan tidak ada duanya di Madiun.

4. MOEDJIJO, BA (1971 – 1974) :
Pemimpin yang satu ini merupakan sosok yang disegani sebagai penggembleng olah raga dan gemar meng-olahraga-kan siswa. Tercatat kegiatan Senam Irama yang menggunakan selendang sebagai tongkat senamnya dengan diiringi gamelan Jawa. Di bawah pimpinan beliau pula Team Volleyball SMP Negeri 3 Madiun menjadi sangat terkenal dan disegani sehingga berani bertandang ke sekolah-sekolah lain bahkan sampai pernah bertandang ke Jawa Tengah (tepatnya Surakarta).
Seiring dengan semakin dikenalnya SMP Negeri 3 Madiun, pada masa inilah mulai dikenakannya BADGE SMP Negeri 3 Madiun yang merupakan karya cipta dari salah seorang guru yaitu Bapak Drs. Wardojo yang juga dikenal sebagai Ketua Umum PGRI Cabang Kota Madiun pada waktu itu.
Seakan tidak mau kalah dengan prestasi olahraganya, di bidang kesenian SMP Negeri 3 Madiun juga dikenal dengan kesenian musik angklungnya. Mars SMP Negeri 3 Madiun yang masih dikumandangkan sampai saat ini juga tercipta pada masa kepemimpinan beliau sebagai hasil gubahan dari salah seorang guru yaitu Almarhum Bapak Isgandhi.
Disamping hal-hal tersebut, beliau juga berupaya menambah sarana-prasarana sekolah diantaranya : ruang kelas di sebelah timur gedung induk, ruang komputer dan ruang guru. Peninggalan beliau yang sampai sekarang tidak mudah dihapus adalah lapangan basket.

5. DJAFAR NATASEWAJA, BA (1974 – 1979) :
Terkesan berpenampilan “ngembahi” (cocok bersikap sebagai “embah kakung”), beliau dikenal sebagai sosok yang ramah, murah senyum, meskipun sekali waktu dapat juga meledak-ledak jika memang harus dan perlu. Dengan sikap telaten sering mengejar-ngejar guru baru untuk mengajar Sejarah. Seringkali para guru “jethungan” (petak umpet) dengan beliau jika beliau ke ruang guru pada waktu Kegiatan Belajar Mengajar berlangsung. Ini dapat dimaklumi karena pada masa kepemimpinan beliau banyak guru yang berusia muda (rata-rata berusia di bawah 25 tahun).
Yang tidak dapat dilupakan, pada saat itu sering terjadi hal-hal “mistik dadakan” (para guru lebih senang menyebutnya “uka-uka lokal”) misalnya seperti : kaca di ruang guru atau ruang kelas di sebelah timur gedung induk pada malam hari sebagai dampak dari pengumuman kelulusan yang dilakukan pada siang harinya. Setelah diselidiki ternyata yang “gentayangan” malam itu bukan makhluk halus seperti yang diperkirakan melainkan ulah dari siswa yang tidak lulus ujian.
Walau demikian, team olahraga SMP Negeri 3 Madiun tetap tidak dapat dipandang ringan bagi sekolah-sekolah khususnya setingkat SLTP di Kota Madiun. Terutama pada bidang olahraga volleyball sangat menonjol.
Pada masa kepemimpinan beliau SMP Negeri 3 mendapatkan dropping Ruang Laboratorium IPA.

6. SOENARSO, BA (1979 – 1982) :
Beliau masih mewarisi “pecah kaca” sebagai peninggalan pimpinan sebelumnya yang sering terjadi sesudah pengumuman kelulusan siswa. Itu sebabnya beliau mempunyai inisiatif mengganti jendela kaca di ujung selatan dari ruang kelas di sebelah timur gedung induk dengan dinding tembok sampai sekarang.
Sosok yang satu ini merupakan sosok yang gemar memainkan gitar akustik di ruang guru, necis dan termasuk penggemar rokok yang cukup berkaliber. Kegemarannya “ngobrol” dengan guru-guru muda terutama tentang musik, melahirkan SMP Negeri 3 Madiun sebagai sekolah yang disegani dengan group bandnya. Prestasi group band sekolah ini (guru dan siswa) antara lain pernah diundang untuk mengisi acara pada pelepasan siswa di SMPK St. Louis sekalipun penyanyinya asal comot dari guru maupun siswa.
Pada masa beliau inilah tanah dan bangunan SMP Negeri 3 Madiun diakui secara resmi sebagai milik Negara Republik Indonesia. Sangat disayangkan gagasan beliau untuk membangun ruang perpustakaan sekolah hanya terlaksana sebatas pengukuran lahan di bagian belakang tanah SMP Negeri 3 Madiun yaitu yang lokasinya bersebelahan dengan ruang laboratorium IPA. Meski demikian, dari usaha beliau beserta staf sekolah berhasil melakukan rehabilitasi gudang menjadi ruang kelas sebanyak 2 (dua) lokal dengan bantuan dari BP-3 SMP Negeri 3 Madiun.
Tradisi SMP Negeri 3 Madiun menerima mahasiswa PPL dari perguruan tinggi dimulai pada kepemimpinan beliau yang masih terus berlanjut sampai saat ini. Yang pertama kali melaksanakan PPL di SMP Negeri 3 Madiun adalah para mahasiswa Program Diploma dari IKIP Negeri Surabaya.

7. SLAMET SOEWARNO, BA (1982 – 1990) :
Dengan berkendaraan scooter “Vespa” warna hijau pupus, tampil sederhana, tidak mengenal lelah, beliau memberikan contoh sebagai orang yang haus ilmu pengetahuan. Meskipun sibuk sebagai Kepala Sekolah, beliau masih gigih “ngangsu kawruh” di IKIP PGRI Madiun yang akhirnya memperoleh gelar kesarjanaannya (Sarjana Pendidikan) pada tahun 1986.
Di bawah kepemimpinan beliau, bermunculan bangunan-bangunan baru seperti : pagar keliling sekolah terutama bagian belakang sekolah yang merupakan tepi selokan air wilayah Kota Madiun yang sebelumnya berupa pagar kawat berduri, ruang perpustakaan, musholla, penambahan WC putra, tempat sepeda, papan nama permanen yang berdiri megah hingga sekarang, serta rehabilitasi 2 (dua) buah ruang kelas, ruang komputer yang dapat berfungsi sebagai aula karena dinding pembatas kelas diganti sekat yang dapat dibuka.
Berkat beliau pulalah SMP Negeri 3 Madiun berani tampil dalam kegiatan karnaval diiringi Drum Band milik sekolah sendiri. Selain itu para guru berkesempatan berlatih musik kulintang yang juga dimiliki sekolah.
Dengan pengawasan dan pengarahan dari Pengawas Dikmenum Departemen P & K Propinsi Jawa Timur (Drs. Nico D), SMP Negeri 3 Madiun mendapat kepercayaan ditunjuk sebagai SMP Negeri yang dijadikan sekolah sampling (percontohan) dalam hal penentuan rumus kelulusan siswa SMTP yang menempuh EBTANAS pada tahun 1984 di bawah pengarahan pengawas Dikmenum.
Pada saat yang sama terjadi peristiwa menarik yang kemudian menjadi tradisi bahkan dapat dikatakan sebagai perintis bagi sekolah-sekolah tingkat SMP di Kota Madiun yaitu dengan terselenggaranya perkemahan besar bagi penerimaan Penggalang Baru dari hasil Penerimaan Siswa Kelas 1 atau sekarang disebut Kelas VII Baru. Kegiatan ini kemudian diikuti oleh semua SMP di Kota Madiun dan sekitarnya. Dalam hal ini SMP Negeri 3 Madiun tercatat sebagai Gudep 03.117-118.

8. SAJOEDI, BA (1990 – 1993) :
Pimpinan yang satu adalah seorang tokoh yang berpenampilan : gagah, besus, rapi, tegas, disiplin dan ramah serta akrab dengan para guru maupun karyawan (staf TU).
Beliau dikenang sebagai pimpinan yang berhasil mendongkrak perolehan NEM SMP Negeri 3 Madiun pada tahun pertama kepemimpinannya. Perolehan NEM terendah siswa yang semula hanya 35,00 berhasil meningkat menjadi 37,62 dan menjelang beliau memasuki masa pensiun perolehan NEM terendah siswa lebih meningkat tajam menjadi 39,65 dari 5 (lima) mata pelajaran yang diujikan.
Beliau juga yang menjadi pendorong para guru dan karyawan untuk melaksanakan wisata ke ujung barat Propinsi Jawa Tengah (Pangandaran) serta ke Gunung Bromo.
Pada masa kepemimpinannya, musholla, gudang, ruang stencil dan koperasi siswa semakin tertata rapi, dan yang tak kalah penting Gapura SMP Negeri 3 Madiun diresmikan dengan ditandai “surya sengkala” : NAYAKANING PRAJA AMBUKA GAPURANING JAGAD yang melambangkan angka tahun 1993.

9. ALI SAHONO, BA (1993 – 1997) :
Seandainya ada yang mengira bahwa beliau merupakan saudara dari Bapak Fuad Bawasir tidak dapat disalahkan karena raut wajah beliau yang memiliki kemiripan hampir 90 % dengan tokoh Golkar Tingkat Pusat tersebut. Kemiripan ini terletak pada : dahi yang lebar, murah senyum, gemar bercanda bak diplomat/negarawan. Adalah suatu kebetulan dan merupakan suatu kehormatan bagi SMP Negeri 3 Madiun ketika beliau masih aktif sebagai Kepala SMP Negeri 3 Madiun beliau terpilih sebagai Ketua DPC Golkar Kotamadya Madiun sehingga kadangkala dalam 1 (satu) bulan di ruang Kepala Sekolah lebih banyak mendapat kunjungan dari para fungsionaris Golkar daripada para guru atau karyawan sendiri.
Pasang surut kegiatan siswa di luar sekolah menyebabkan team olahraga basketball, Pramuka atau group drum band disegani oleh sekolah lain yang sejajar di Kota Madiun.
Peninggalan semasa kepemimpinan beliau yang masih ada antara lain : taman di sebelah kelas IX-A dan IX-B, penggantian pipa PDAM yang sejak zaman Belanda belum pernah diganti, rabat halaman belakang, rehab teras kelas induk dengan genteng karangpilang, penambahan/pembuatan ruang khusus Pramuka, ruang UKS.

10. Drs. ROLYS (1997 – 1999) :
Sederhana, disiplin, berbahasa Jawa “medhok” walaupun saat berbicara dalam Bahasa Indonesia. Rapi dalam berbusana disertai murah senyum kepada siapapun di lingkungan sekolah. Banyak hal yang dilakukan pada masa kepemimpinan beliau diantaranya penambahan ruang untuk menunjang pelaksanaan kegiatan pembelajaran. Ruang tambahan saat beliau memimpin adalah ruang ganti pakaian siswa putri, ruang komputer yang kemudian beralih fungsi menjadi ruang penyimpanan buku/LKS dan perbaikan lapangan basketball.
Dengan upaya beliau, keluarga besar SMP Negeri 3 Madiun dapat menikmati keindahan panorama lokasi wisata di luar pulau Jawa yaitu ke pulau Bali.

11. Drs. EKO ARJONO (1999 – 2003) :
Berpenampilan sedikit mirip Dono dari kelompok “Warkop”, sebenarnya beliau merupakan alumnus SMP Negeri 3 Madiun. Supel, ramah serta gemar bercanda. Sangat antusias terhadap mata pelajaran matematika sehingga mata pelajaran yang satu ini mendapat alokasi jam yang istimewa.
Yang mengesankan, pernah membuat terkejut para karyawan karena hadir di sekolah lebih pagi daripada para petugas kebersihan kemudian menyapu lapangan basket bahkan tidak segan mengepel serambi kelas induk.
Di bawah kepemimpinannya, team basketball SMP Negeri 3 Madiun benar-benar tangguh sehingga cukup sulit untuk digeser lawan di tingkat SMP Kota Madiun dan sebagai hasilnya sering meraih juara I paling buruk meraih juara II. Memperoleh penghargaan dalam lomba ketangkasan Pramuka menjadi hal biasa ketika beliau menduduki posisi Kepala SMP Negeri 3 Madiun.
Dari segi fisik sekolah, beliau menambah ketinggian lantai ruang kelas yang rendah menjadi 20 cm lebih tinggi karena jika hujan tiba sering mengalami musibah banjir. Beliau juga melakukan pemasangan keramik pada lantai gedung induk dan ruang guru sehingga tampak lebih bersih dan rapi. Dari keuletannya, beliau berhasil mengusahakan penambahan 2 (dua) buah ruang belajar dari Dinas Pendidikan Propinsi Jawa Timur.

12. SOEWITO, S.Pd. (2003 – 2008) :
Bagai sosok jebolan STPDN beliau dengan gagah, rapi, besus, disiplin, tegak memandang ke depan menggebrak suasana SMP Negeri 3 Madiun dengan datang lebih pagi daripada guru piket maupun karyawan TU meskipun berdomisili jauh di lereng gunung Lawu Magetan, menorehkan visi dan misi sekolah dengan tegas.
Dengan gaya bagai seorang paman dengan banyak keponakan, beliau menggiring siswa kelas IX melaksanakan widya wisata ke pulau Bali.
Selaras dengan sosoknya yang seperti ksatria dari kaki gunung Lawu yang disegani, beliau menegakkan kebiasaan dan menanamkan kegemaran memandang suasana indah, rapi dan teratur sehingga dengan “kenes” SMP Negeri 3 Madiun “berdandan” yang dimulai dari bagian depan sekolah : pagar yang tampil beda daripada sekolah lain di Madiun, pembuatan taman yang mendorong orang utnuk berdecak tanda setuju atas penampilannya, serta cat dinding yang menyejukkan dengan warna hijau bak menyiratkan bahwa siswa SMP Negeri 3 Madiun perlu didandani karena masih hijau (muda usia).
Gaya inovatifnya nampak pada dari penambahan bangunan dan asesoris fungsional dari sarana dan prasarana sekolah misalnya : sekat ruang kelas dan ruang komputer, WC siswa, tempat berteduh siswa, tempat sepeda motor guru dan karyawan, lebih-lebih lagi bentuk baru cafe di halaman belakang/depan musholla. Tidak heran jika para pengunjung menjadi terkesan seakan berada di halte bus/angkot tepi jalan atau mungkin lokasi shooting sinetron ABTS (Anak Baru Tahu SMP).
Adalah suatu karunia yang tak terduga meskipun kepemimpinan beliau belum genap 1 (satu) tahun tetapi SMP Negeri 3 Madiun sudah berhasil meniti popularitas dan prestasi yang tampak dan layak diperhitungkan Pemerintah Daerah serta masyarakat yaitu melangkah maju dengan KBK yang salah satu kelasnya merupakan Kelas Siswa Olah Raga (khususnya cabang sepak bola). Selain itu juga berhasil meraih gelar juara I siswa berprestasi/teladan putra dan juara II siswa berprestasi putri dimana hal tersebut bagaikan kado istimewa dari siswa kepada almamaternya pada peringatan hari jadi yang ke 54.
Pada kurun waktu 3 (tiga) tahun sebelum berakhirnya tugas beliau karena pensiun, SMP Negeri 3 Madiun ditunjuk pemerintah menjadi salah satu Sekolah Standar Nasional (SSN) per 19 Juli 2005 dengan pertimbangan perolehan NEM di atas rata-rata 7,00 serta sarana prasarana yang dinilai sudah memadai. Dan di tahun 2005 SMP Negeri 3 Madiun berhasil mengukir sejarah dengan perolehan NEM yang mencapai rata-rata 8,53. Ini tentu merupakan prestasi yang amat sangat membanggakan.

13. SENO LUKITO DARSONO, S.Pd. (dilantik per 2 Mei 2008) :
Pria kelahiran Ponorogo 27 Juli 1954 ini bertugas sebagai guru Bahasa Inggris pertama kali di SMP Negeri Baureno Bojonegoro dari tahun 1981 sampai dengan tahun 1987. Tugas terakhir sebelum mutasi ke SMP Negeri 3 Madiun adalah di SMP Negeri 10 Madiun dari tahun 1987 sampai dengan awal Mei tahun 2008.
Tugas pertamanya sebagai kepala sekolah kebetulan dijalaninya pada penghujung tahun pelajaran 2007/2008. Maka tidak mengherankan jika langsung berhadapan dengan kegiatan-kegiatan besar yang menyita waktu dan melelahkan seperti : pelaksanaan Ujian Nasional, Ulangan Kenaikan Kelas dan Penerimaan Siswa Baru.
Seno Lukito Darsono, S.Pd. sampai dengan tulisan ini naik cetak pada akhir tahun 2011 masih menduduki jabatan Kepala SMP Negeri 3 Madiun.

14.  FATCHUR  RAHMAN, S.Pd ( Dilantik per 02 Mei 2012)
Pria kelahiran Mojokerto 25 Desember 1968 ini sebelum menjadi Kepala Sekolah, beliu adalah Guru Matematika di SMP 13 Madiun dan juga sebagai staf  Kurikulum, dibawah  pimpinan beliulah SMP Negeri 3 mendapatkan juara Lomba Lingkungan Sekolah  Sehat ( LLSS ) dari tingkat kota, Propinsi sampai ke tingkat Nasional ( UKS saat itu dibawah  pembinaan Bpk Cholik Mahmud, S.Pd dan Ibu Suswati Siwi Utami,S.Th serta pembina umum n Bpk Budiyono, S.Pd ).  Juara Adiwiyata tingkat Kota Madiun, tingkat Propinsi dan tingkat Nasional.  Untuk menanam tanaman penghijauan memanglah mudah dan dengan gotong royong semua siswa ambil bagian menanam bungga ,  namun untuk merawatnya tidak semua orang bisa dan ada kemauan.
Bersyukurlah di SMP Negeri 3 ini ada seorang Ibu yang memiliki peri pertanaman beliu sering berbicara dengan tanaman “ kamu haus ya, sebentar jangan mati aku mau kasih kamu minum”  beliu adalah Ibu Sri Kumolowati, S.Pd  ( bagi dia, tiada hari tanpa menyapu dan tiada hari tanpa siram-siram )  Dalam kepemimpinan beliu juga mendapatkan juara lomba FLSN ( Festival Lomba Seni Nasional ) Musik Tradisionalnya  dibawa asuhan Bpk Teguh Triyono, S.Sn, S.Pd  SMP 3  mendapatkan juara I tingkat kota Madiun  dan Juara I Tingkat propinsi Jawa Timur. Pribadi yang tenang,  figur seorang Bapak yang dikedepankan , membuat warga SMP Negeri 3 terayomi, tenang, aman serta penuh perhatian secara menyeluruh, tanpa membeda-mbedakan.  Dari pengaruh pribadi inilah membawa siswa siswi yang  berada dibawah kepramukaan juga merasa terayomi. Tak heran kalau juara umum dalam kepramukaan  tingkat kota diraih oleh SMP negeri 3 Madiun  oleh pratama Putri ( pramuka dibawah pembinaan Ibu Agustin Ratnawati S.Pd dan Bpk Suharno,S.Pd) .
Dalam kepemimpinan beliu juga menghantarkan siswi  SMP 3 yang bernama Maratul 8E mengikuti lomba Olimpiade  IPS  tingkat kota Madiun Juara I dan sampai ke tingkat propinsi ( dibawah pembinaan Ibu Satrini Utami,S.Pd). Di bulan April th 2014 Bpk Fachur Rahman, S.Pd juga  mengikuti lomba Kepala sekolah berprestasi , beliu mendapatkan  Juara I sekota Madiun . Di bulan April juga mendapatkan Juara I tingkat kota Madiun  Lomba Perpustakaan ( dibawa koordinotor Perpus Ibu Nuryatutuk, SPd dan Ibu Benoe Is Soeji  T ) Tetapi SK Tugaslah yang membuat beliu harus meninggalkan SMP Negeri 3 Madiun.  Tepatnya tgl 1 Agustus mendapatkan SK Tugas yang baru di SMP Negeri 2. Selamat bertugas Bpk, Tuhan memberkati. ( kalau beliu kangen dengan SMP 3 hanya lewat Jln Kartini  saja )
15. Almiqdad, S.Pd. M.Pd  ( Dilantik tgl 1 Agustus 2014 )
Pria Kelahiran Bantul, 30 Oktober 1960, Beliu tadinya kepala sekolah SMP Negeri 5 Madiun, mulai bulan Agustus alih tugas menjadi kepala sekolah SMP Negeri 3 Madiun, beliu ini terkenal dengan kata-kata bijaknya, Biarlah dengan kata-kata bijaknya beliu dapat meneruskan, mempertahankan bahkan meningkatkan SMP Negeri 3 kepada prestasi akademik, non akademik. “Bersama kita bisa” itulah yang beliu katakan sebelum doa dipagi hari.Juara nan akademik : Juara I Fasion sow  oleh Margareta Agnesia, Juara Yel-yel tingkat kota oleh siswa siswi 7 C, Juara LCC tingkat kota Madiun .( Lomba cerdas cermat) Raditiya Dipa Pramukti  9 D  dan 9E , Juara 3 Lomba Adhan tingkat kota Madiun  oleh Mochammad Robby Hadha Akbar kls 7F. Dalam kepemimpinan beliu ada salah satu Ibu Guru yang rajin menuliskan kata-kata bijak yang beliu katakan. Dia adalah Ibu Srikumolowati, S.Pd ( SARPRAS SMP Negeri 3 Madiun). di samping beliu senang dengan kata-kata bijak  ibu tersebut juga cinta tanaman dan kebersihan. Tiada hari tanpa siram-siram dan tiada hari tanpa menyapu. Berkat kerja keras Bpk Kepala Sekolah  dan  beliulah SMP 3 memasuki Adiwiyata Mandiri.Jangan pensiun dulu Ibu , sebelum Ibu memberikan tongkat  istafet cinta tanaman dan kebersihan kepada regenerasi SMP Negeri 3 Madiun.
16. IRAWADI,SPd, DILANTIK TGL I MEI 2016
Pria Kelahiran Madura, Beliu punya semanggat yang pantang menyerah bagaikan burung rajawali, melayang tinggi untuk melewati segala tantangan kehidupan. Dengan semboyan pasti bisa, tidak ada yang sukar kalau kita mau berusaha, soal biaya pasti ada. Dan melahirkan tema :
“ SEKOLAHKU ADALAH TAMAN HIJAU YANG INDAH
 UNTUK MENGEMBANGKAN PRESTASI”
Yel-yel yang beliu ciptakan  ;” SMP 3, SATU SEMANGATNYA PASTI BISA”
“SPENGA, SIKAP DAN PRESTASINYA BIKIN BANGGA”
MARI KITA TATAP KEDEPAN, RAIH CITA-CITA MELALUI BELAJAR
DI SMP 3 MADIUN
Demikian sekelumit tentang apa dan bagaimana SMP Negeri 3 Madiun dari masa ke masa. Mudah-mudahan tulisan singkat ini bermanfaat bagi siapa saja khususnya masyarakat Madiun yang peduli terhadap pendidikan dan kemajuan daerahnya. Semoga Allah SWT selalu memberkati umat-Nya yang memiliki niatan baik, tulus dan suci. Amin.
Sejarah singkat berdirinya  SMP Negeri 3 ini disusun dari berbagai narasumber baik yang berupa tulisan, peninggalan bersejarah maupun para saksi hidup oleh Team Pencari Fakta sejarah SMP Negeri 3 Madiun ( Bpk Drs.Purwanto, BA ) dalam rangka peringatan Hari Jadi  SMP Negeri 3 Madiun.
Informasi Sejarah Singkat ini belumlah  baku / belum sempurna oleh karena itu berkenanlah kiranya Bapak, Ibu, para alumi yang membaca diperkenankan untuk melengkapinya atau meluruskannya apabila masih ada yang belum pas, belum sesuai dengan yang sebenarnya, terimaksih atas kerjasamanya yang baik.
Demikian sekelumit tentang apa dan bagaimana SMP Negeri 3 Madiun dari masa ke masa. Mudah-mudahan tulisan singkat ini bermanfaat bagi siapa saja khususnya masyarakat Madiun yang peduli terhadap pendidikan dan kemajuan daerahnya. Semoga Allah SWT selalu memberkati umat-Nya yang memiliki niatan baik, tulus dan suci. Amin.

Disusun dari berbagai narasumber baik yang berupa tulisan, peninggalan bersejarah maupun para saksi hidup oleh Team Pencari Fakta sejarah SMP Negeri 3 Madiun dalam rangka peringatan Hari Jadi Kota Madiun sebagai dokumen sejarah.